エネルギー省（Department of Energy）科学局（Office of Science）の予算は、2.4%増の49億9,200万ドルとなり、これは朗報となった。しかし、クリーンエネルギーやエネルギー向け先端マテリアル、先端バイオ燃料、高性能科学コンピューティングといった研究分野は予算増となった一方で、科学局にある6つの主要研究プログラムのうち、融合、核物理学、素粒子物理学は破壊的な予算減の可能性に直面している。一番大きな変化は、国内融合プログラムの資金の一部を国際融合プロジェクトITER（国際熱核融合プロジェクト）への拠出金増加に充当することである。このため、マサチューセッツ工科大学（Massachusetts Institute of Technology: MIT）にある「Alcator C-Mod」核融合実験装置の停止などが実施される。また核物理学プログラムの予算は3.6％減の5億2,700万ドルとなる。今後も横ばい予算が続くと予測されていることから、核物理学プログラムが抱えている3つの主要プログラムのうち一つを近いうちに犠牲にすることを余儀なくされるかもしれない。高エネルギー物理学の予算は更に厳しい。主に粒子衝突を通じて基本素粒子の研究を行うための予算は1.8％減の7億7,700万ドルとなる。僅かな減少のように見えるが、米国における最後の素粒子物理学研究所、フェルミ国立加速器研究所（Fermi National Accelerator Laboratory）に重大な影響を及ぼす可能性がある。
ScienseInsider “At DOE, Body Blows to Fusion, Nuclear Physics, and Particle Physics” (2/13/12)